Początków zakonu należy upatrywać w tzw. wspólnotach kleryckich powstających w Kościele z inicjatywy różnych biskupów na przełomie IV/V wieku. Największy rozgłos zyskała sobie wspólnota uformowana przez biskupa Hippony (Afryka Pólnocna) św. Augustyna (354-430). Właśnie do niej, jako swojego źródła, nawiązują kanonicy regularni. Złota era zakonu kanoniczego przypada na XII i XIII wiek. Kanonicy, zreformowani przez synod laterański w 1059 roku, wydali wówczas wielu świętych, papieży i biskupów. Najnowsze badania historyków wykazały, że w okresie średniowiecza i później kanonicy regularni mieli ponad 2500 ośrodków w Europie. W tym też okresie powstały kongregacje, czyli federacje poszczególnych klasztorów. Kongregacja laterańska, jako jedna z późniejszych, powstała na terenie Włoch na początku XV wieku, a zatwierdzenie papieskie uzyskała w 1446 roku.

W Polsce kanonicy regularni zaczęli się osiedlać na przełomie XI/XII wieku. Do najstarszych ich ośrodków należały klasztory w Trzemesznie, Czerwińsku, Wrocławiu, Kaliszu, Mstowie i Żaganiu. Do Krakowa kanonicy regularni przybyli z Kłodzka najpóźniej na wiosnę 1399 roku z inicjatywy królowej Jadwigi i biskupa Piotra Wysza. Przywilej fundacyjny otrzymali od króla Władysława Jagiełły 25 marca 1405 roku. Z Krakowa zakładali później inne klasztory, jak: Kłodawa, Kłobuck, Kraśnik, Kurozwęki, Bychów, Krzemienica, Wilno, Sucha Beskidzka, Wolbrom, Słonim, itd. W 1628 roku prepozyt Marcin Kłoczyński utworzył odrębną kongregację krakowską kanoników regularnych laterańskich zatwierdzoną przez papieża w 1644 roku. Po licznych kasatach w okresie zaborów z kongregacji krakowskiej pozostał przy życiu tylko klasztor macierzysty w Krakowie, który w 1861 roku został podniesiony do godności opactwa. W 1909 roku liczba ośrodków kanoników regularnych w Polsce powiększyła się o domy w Żywcu i Kamieniu pod Krakowem. Natomiast po zakończeniu II wojny światowej (1945) zakonnicy podjęli pracę duszpasterską, zakładając domy w następujących miejscowościach: Drezdenko, Niegosław, Rąpin, Ełk, Straduny, Bajtkowo oraz Gietrzwałd. Później także w Rudniku koło Raciborza i w Kirach koło Zakopanego. W 1990 roku kanonicy regularni powrócili do swojego dawnego opactwa w Mstowie. Obecnie zakon ma w Polsce pięć większych klasztorów zwanych kanoniami, prowadzi 11 parafii i Sanktuarium Maryjne w Gietrzwałdzie. Kanonicy polscy pracują nadto na misjach w Afryce, a także prowadzą parafie w różnych krajach Europy i Ameryki Północnej.

Zakon opiera swoją dyscyplinę życia na regule św. Augustyna. Kanonicy regularni praktykują zatem rady ewangeliczne w życiu wspólnym bez własności i służą Kościołowi prowadząc duszpasterstwo, zajmując się szpitalnictwem oraz szkolnictwem. Dewizą zakonu są słowa z Dziejów Apostolskich: „Cor unum et anima una” - mieć jedno serce i jedną duszę zarówno w życiu codziennym w klasztorze, jak i w posłudze duszpasterskiej w parafiach.

Strojem zakonnym kanonika regularnego laterańskiego jest sutanna czarna w dni powszednie i biała w dni świąteczne, na którą zakłada komżę i mucet z podbiciem, obszyciem i guzikami fioletowymi.